| Titre | GAL08, and uncultivated group of Acidobacteria, is a dominant bacterial clade in a neutral hot spring |
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| Auteur | Ruhl, I A; Sheremet, A; Furgason, C C; Krause, S; Bowers, R M; Jarett, J K; Tran, T M; Grasby, S E ; Woyke, T; Dunfield, P F |
| Source | Frontiers in microbiology vol. 12, 787651, 2022., https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.787651  Accès ouvert |
| Image |  |
| Année | 2022 |
| Séries alt. | Ressources naturelles Canada, Contribution externe 20210428 |
| Document | publication en série |
| Lang. | anglais |
| DOI | https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.787651 |
| Media | en ligne; numérique |
| Formats | pdf |
| Sujets | bactéries; sources thermales; Sciences et technologie |
| Illustrations | tableaux; graphiques; figures |
| Programme | Géosciences de l'énergie L'énergie géothermique |
| Diffusé | 2022 01 11 |
| Résumé | (disponible en anglais seulement)
GAL08 are bacteria belonging to an uncultivated phylogenetic cluster within the phylum Acidobacteria. We detected a natural population of the GAL08 clade in
sediment from a pH-neutral hot spring located in British Columbia, Canada. To shed light on the abundance and genomic potential of this clade, we collected and analyzed hot spring sediment samples over a temperature range of 24.2-79.8C. Illumina
sequencing of 16S rRNA gene amplicons and qPCR using a primer set developed specifically to detect the GAL08 16S rRNA gene revealed that absolute and relative abundances of GAL08 peaked at 65C along three temperature gradients. Analysis of sediment
collected over multiple years and locations revealed that the GAL08 group was consistently a dominant clade, comprising up to 29.2% of the microbial community based on relative read abundance and up to 4.7 x 105 16S rRNA gene copy numbers per gram of
sediment based on qPCR. Using a medium quality threshold, 25 single amplified genomes (SAGs) representing these bacteria were generated from samples taken at 65 and 77C, and seven metagenome-assembled genomes (MAGs) were reconstructed from the
samples collected at 45-77C. Based on average nucleotide identity (ANI), these SAGs and MAGs represented three separate species, with an estimated average genome size of 3.17 Mb and GC content of 62.8%. Phylogenetic trees constructed from 16S rRNA
gene sequences and a set of 56 concatenated phylogenetic marker genes both placed the three GAL08 bacteria as a distinct subgroup of the phylum Acidobacteria, representing a candidate order (Ca. Frugalibacteriales) within the class Blastocatellia.
Metabolic reconstructions from genome data predicted a heterotrophic metabolism, with potential capability for aerobic respiration, as well as incomplete denitrification and fermentation. In laboratory cultivation efforts, GAL08 counts based on qPCR
declined rapidly under atmospheric levels of oxygen but increased slightly a 1% (v/v) O2, suggesting a microaerophilic lifestyle. |
| Sommaire | (Résumé en langage clair et simple, non publié)
Les bactéries sont divisées en phylums tout comme les animaux supérieurs. Une différence clé est que le séquençage des gènes rend souvent
apparente la présence d'un nouveau non reconnu même s'il ne peut pas être observé, ou que les connaissances sur les conditions dans lesquelles les membres du phyla se développent sont limitées. Dans ces cas, ils sont appelés «embranchements
candidats» jusqu'à ce qu'ils puissent être cultivés et que les conditions dans lesquelles ils vivent soient mieux définies. L'un de ces phylums candidats est GAL08, qui a été détecté par séquençage de gènes dans des environnements du monde entier
dans de petites proportions de la communauté microbienne totale. On sait peu de choses sur ce groupe. Dans le cadre des travaux du projet géothermique, au GNES, des sources thermales au Canada ont été échantillonnées et des tapis microbiens en
croissance ont été analysés. Un emplacement a montré une proportion inhabituellement élevée de GAL08. Cela a permis certains des premiers travaux détaillés sur ce groupe énigmatique et la première définition de sa tolérance environnementale. Cette
découverte fortuite a permis de mieux comprendre la diversité de la vie sur Terre |
| GEOSCAN ID | 329325 |
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