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TitreGlobal metagenomic survey reveals a new bacterial candidate phylum in geothermal springs
AuteurEloe Fadrosh, E A; Paez Espino, D; Jarett, J; Dunfield, P F; Hedlund, B P; Dekas, A E; Grasby, S E; Brady, A L; Dong, H; Briggs, B R; Li, W; Goudeau, D; Malmstrom, R; Pati, A; PettRidge, J; Rubin, E M; Woyke, T
SourceNature Communications; Nature Communications 2016 p. 1-10, https://doi.org/10.1038/ncomms10476
Année2016
Séries alt.Secteur des sciences de la Terre, Contribution externe 20150379
ÉditeurNature
Documentpublication en série
Lang.anglais
DOIhttps://doi.org/10.1038/ncomms10476
Mediapapier; en ligne; numérique
Formatspdf
ProvinceColombie-Britannique
SNRC82F/09
Lat/Long OENS-116.5000 -116.0000 49.7500 49.5000
Lat/Long OENS 98.0000 99.0000 25.5000 25.0000
Lat/Long OENS-119.5000 -119.0000 40.7500 40.5000
Sujetssources thermales; microorganismes; bactéries
Illustrationsdiagrams; photographs; photomicrographs; location maps; structural diagram; charts
Programmeadaptation et impacts sur l'environnement, environnement du nord, Géosciences de l'environnement
Résumé(disponible en anglais seulement)
Analysis of the increasing wealth of metagenomic data collected from diverse environments can lead to the discovery of novel branches on the tree of life. Here we analyse 5.2 Tb of metagenomic data collected globally to discover a novel bacterial phylum ('Candidatus Kryptonia') found exclusively in high-temperature pH-neutral geothermal springs. This lineage had remained hidden as a taxonomic 'blind spot' because of mismatches in the primers commonly used for ribosomal gene surveys. Genome reconstruction from metagenomic data combined with single-cell genomics results in several high-quality genomes representing four genera from the new phylum. Metabolic reconstruction indicates a heterotrophic lifestyle with conspicuous nutritional deficiencies, suggesting the need for metabolic complementarity with other microbes. Co-occurrence patterns identifies a number of putative partners, including an uncultured Armatimonadetes lineage. The discovery of Kryptonia within previously studied geothermal springs underscores the importance of globally sampled metagenomic data in detection of microbial novelty, and highlights the extraordinary diversity of microbial life still awaiting discovery.
Résumé(Résumé en langage clair et simple, non publié)
Les communautés microbiennes jouent un rôle critique dans les processus géologiques, y compris en ce qui a trait à la mobilisation et à la rétention de métaux toxiques, et à la production de gaz naturel dans les aquifères peu profonds. Des travaux en étroite collaboration entre géochimistes et microbiologistes ont permis de réaliser des progrès dans la compréhension de ces processus. Récemment, il a été reconnu que les méthodes traditionnelles d'identification des microbes comportent des « trous noirs » et peuvent manquer de la vie microbienne inhabituelle. De nouvelles méthodes utilisant des études de métagénomique, combinées avec des échantillons microbiens recueillis dans des environnements extrêmes lors d'une recherche précédente de RNCan en géothermie, a conduit à la découverte d'un nouveau phylum bactérien (l'équivalent d'un nouveau règne animal pour les organismes supérieurs). Cette remarquable découverte apporte de nouvelles connaissances sur la diversité de la vie sur Terre. Les leçons de ce travail seront appliquées au Programme de géosciences de l'environnement pour aider à l'étude des communautés microbiennes nouvelles qui peuvent aider à limiter la mobilité des métaux dans des environnements contaminés.
GEOSCAN ID297488